四合院历史悠久，早在3000多年前的中国西周时期就有完整的四合院出现。陕西岐山凤雏村周原遗址出土的两进院落建筑遗迹，是中国已知最早、最严整的四合院实例，具有典型的代表性。
汉代四合院建筑有了更新的发展，受到风水学说的影响，四合院从选址到布局，有了一整套阴阳五行的说法。唐代四合院上承两汉，下启宋元，其格局是前窄后方。初唐以前的四合院是廊院式院落，即院子中轴线为主体建筑，周围为回廊链接，或左右有屋，而非四面建房。晚唐出现具有廊庑的四合院，逐渐取代了廊院，宋朝以后，廊院逐渐减少，到明清逐渐绝迹。
元明清时期四合院逐渐成熟。元世祖忽必烈“诏旧城居民之过京城老，以赀高(有钱人)及居职(在朝廷供职)者为先，乃定制以地八亩为一分”，分给前往大都的富商、官员建造住宅，由此开始了北京传统四合院住宅大规模形成时期。1970年代初，北京后英房胡同出土的元代四合院遗址，可视为北京四合院的雏形。
后经明、清完善，逐渐形成北京特有的四合院建筑风格。明都城从南京迁到北京，并分别从浙江、山西等处迁进数以万计的富户，从而有力地推动了北京经济的发展。在明代，制砖技术空前发达，这也促进了建筑业和住宅建设的发展。
这个时期出现的《鲁班经》、《三才图会》等书籍，从书中的插图可以看到，明代住宅仍沿袭了元代四合院的形式。
清代定都北京后，大量吸收汉文化，完全承袭了明代北京城的建筑风格，对北京的居住建筑四合院也予以了全部继承。清代最有代表性的居住建筑是宫室式第宅，这就是官僚、地主、富商们居住的大中型四合院。清代是北京四合院发展的巅峰时期。
自清代后期起，中国逐渐沦为半封建半殖民地社会，北京四合院的发展也开始逐步走下坡路。在外族入侵和西方文化渗入的影响下，北京传统住宅建筑也受到一定影响。这个时期建造的四合院，有的或多或少加进了一些西洋建筑的装饰成分，最典型的就是圆明园式随墙门的出现。受“西学东渐”之风影响较深的人为标榜自己为“新派”代表，也有一些在宅内兴建“洋楼”的例子，但为数不多。总的来说，这个时期，北京的传统民居基本保持了明清型制。
后来中国发生东方，很多原来住独门独院的居民已没有能力养更多的房子，只好将多余的房子出租，以租金来补贴生活。居民的住房越来越少，院里的房客越来越多。独门独户的四合院开始变成多户杂居的大杂院。
到如今，四合院数量已经不多，基本都在中心城区。不过这种建筑已经得到重视，被保护起来，并多加修缮，已经变得非常事宜居住了。而且，北京四合院已经成为了景点，每年无数人过来游览参观，感受古建的文化魅力。
